রঞ্জক কালির অসুবিধা হল যে এটি জলরোধী নয়, এবং যেহেতু রঞ্জক অণুগুলি অতিবেগুনী বিকিরণের অধীনে দ্রুত পচে যায়, তাই অতিবেগুনী বিকিরণের অধীনে বাইরে ব্যবহার করার পরে এটি স্পষ্টতই এক মাসের মধ্যে বিবর্ণ হয়ে যাবে।
অসুবিধা হল যে বেশিরভাগ রঙ্গক কালি পৃষ্ঠে অবশিষ্ট রঙের উপকরণ সৃষ্টি করবে। অতএব, এমনকি চকচকে কাগজে এবং সমতল পৃষ্ঠের অন্যান্য কাগজে মুদ্রণ চকচকে ছবি মুদ্রণ করতে পারে না, যে কারণে রঙ্গক কালি দিয়ে মুদ্রিত জিনিসগুলিতে সাধারণত কোনও দীপ্তি থাকে না। উপরন্তু, রঙ্গক কালির উত্পাদন খরচ বেশি, তাই বিক্রির মূল্যও রঞ্জক কালির চেয়ে বেশি এবং দামের পার্থক্য দুই থেকে চার গুণেরও বেশি।
